Résumé complet
2009, quelque part dans l'espace. Cela fait cinq mois que le vaisseau Macross, dans lequel vivent des milliers d'humains expatriés, a été accidentellement téléporté loin de la Terre après l'attaque de mystérieux extra terrestres, les Zentradi. Alors que la jeune vedette Minmay Lynn donne son premier concert sur le vaisseau, celui-ci est victime d'une nouvelle attaque. Hikaru Ichijo, un pilote de valkyrie (un engin volant transformable en robot), reçoit l'ordre de la commandante en second du Macross, Misa Hayase, d'aller combattre les assaillants. Cependant Hikaru, qui a aperçu des Zentradi tentant de pénétrer dans le vaisseau, ignore les ordres afin de les intercepter. Dans sa course-poursuite, il sauve de justesse Minmay (qui a été emportée suite à la destruction du système gravitationnel) mais il perd le contrôle de son appareil et tous deux se retrouvent bloqués dans une zone condamnée du vaisseau. Pendant les quelques jours qu'ils passent ensemble, ils s’amourachent l’un de l’autre...
Les deux jeunes gens sont finalement retrouvés et délivrés. Un jour, alors que Minmay a rendez-vous avec Hikaru, celui-ci l’emmène faire un tour dans l'espace. Mais leur escapade est découverte par Kaifun, le frère de Minmay, qui part à leur poursuite en compagnie de Misa, laquelle promet la cour martiale à Hikaru ! Malheureusement pour eux, ils sont repérés par des Zentradi qui les capturent, ainsi que Roy Fokker, pilote et ami d'Hikaru, qui a tenté de secourir celui-ci. Tous les cinq sont amenés devant les chefs de la flotte extra terrestre, Britai et Exedol, pour être interrogés sur leur civilisation et surtout sur les rapports entre les hommes et les femmes, qui les intriguent beaucoup. En effet, chez les Zentradi, les individus sont séparés suivant leur sexe et la culture (notamment la musique) n'existe pas. Seule la guerre guide leur vie. Grâce à une attaque des Meltran (les femmes Zentrandi avec qui les hommes sont en guerre), qui créée la confusion, Hikaru et Misa arrivent à s’échapper mais Roy est abattu en les couvrant. Quant à Minmay et son frère, ils sont transférés vers la flotte principale des Zentradi.
A cause d'un assaut des Zentradi, le valkyrie d'Hikaru est propulsé sur une étrange planète ravagée où toute trace de vie a été éradiquée et qui s'avère être... la Terre. Incapables de contacter le Macross, Hikaru et Misa décident d'explorer la planète. Pendant ce temps, Boddole Zer, le chef des Zentradi, explique à Britai et Exedole que les humains sont issus de la même civilisation qu'eux, la protoculture, mais leurs créateurs communs ne voulaient pas qu'ils soient en contact car leurs modes de vie sont trop différents. En particulier, les chansons des humains représentent un danger pour l'esprit combattif des Zentradi. Sur Terre, Misa et Hikaru apprennent ces mêmes informations grâce un vestige de la protoculture, trouvé dans une ancienne cité sous-marine. A une différence près: les humains ont en fait été créés après les Zentradi, car leurs créateurs avaient réalisé que séparer les hommes et les femmes étaient une erreur, ceux-ci devant vivre en harmonie. Ils trouvent aussi un moyen de contacter le Macross, même s'ils ne savent pas si leur message a été reçu. Au bout d'un moment, le désespoir commence à envahir nos deux héros, ce qui a pour conséquence de leur faire dépasser leur antipathie réciproque et même de les rapprocher...
Finalement, le Macross avait bien reçu le message de nos deux héros et ces derniers sont secourus. Quelques temps plus tard, le vaisseau est attaqué par les Meltran mais, à la surprise générale, il est sauvé par les Zentradi. Ceux-ci déclarent leur intention de signer un traité de paix avec les humains, ce qui est en réalité un piège. Lors de la cérémonie donnée en l’honneur de cet évènement, Hikaru retrouve Minmay, qui a été libérée par les Zentradi. La jeune fille rejoint Hikaru dans sa chambre et le prend dans ses bras alors que Misa rentre dans la pièce. Comme cette dernière est choquée par ce qu'elle voit, Hikaru essaye de lui expliquer qu'il n'y est pour rien, ce qui a pour effet de faire réaliser à Minmay que le jeune homme ne l'aime plus. Elle s'en va alors tandis que Hikaru avoue ses sentiments à Misa et lui dit qu'il n'éprouve plus rien pour Minmay. Misa explique ensuite la raison de sa venue: sur terre, elle avait trouvé un artefact sur lequel étaient inscrites les paroles d'une chanson ancestrale. Or, elle a réussi à décoder ces inscriptions.
Au même moment, les Zentradi lancent l'assaut contre le Macross, alors que le vaisseau est par ailleurs attaqué par les Meltran. Misa confie à Hikaru les paroles de la chanson pour qu'il les remette à Minmay. En effet, si elle chante pendant le combat, les paroles pourraient réveiller des souvenirs enfouis dans la mémoire des Zentradi. Hikaru rejoint Minmay et tente de la convaincre de chanter. Mais la chanteuse refuse dans un premier temps à cause du chagrin de sa déception amoureuse puis se raisonne et accepte. Pendant l'affrontement, Britaï et Excedol sont perturbés par la chanson et réalisent qu’ils la connaissent. Ils se révoltent alors contre leur chef qui les a manipulés en leur cachant la vérité sur la protoculture. C'est finalement Hikaru qui tuera Boddole Zer, après avoir pénétré dans son vaisseau. La bataille terminée, les Zentradi décident de défendre le Macross à l'avenir, afin de protéger la mystérieuse chanson qui est un héritage de leur civilisation. A sa collègue, Claudia LaSalle, qui se demande l'origine de cette chanson, Misa révèle que c'était tout simplement un hymne à l'amour inventé dans les premiers temps de la protoculture…
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